Πραγματοποιήθηκε το μεσημέρι της Πέμπτης 17/08 στα γραφεία της ΕΠΟ η κλήρωση για τις τέσσερις πρώτες φάσεις του Κυπέλλου Ελλάδος. Βάσει του συστήματος, οι ομάδες της Β' Εθνικής ρίχνονται στην μάχη στις 20 Σεπτεμβρίου ενώ της Σούπερ Λίγκας (πρώην Α' Εθνικής) στις 8 Νοεμβρίου. Στην πρώτη φάση της διοργάνωσης, που ξεκινά το επόμενο Σαββατοκύριακο, συμμετέχουν μόνο ομάδες της Γ' Εθνικής (εκτός από μια που περνά απευθείας στη δεύτερη φάση). Ο Εθνικός θα αντιμετωπίσει με μειονέκτημα έδρας για τη Β' φάση τον νικητή του αγώνα Παναιτωλικός - Ανδρούτσος Γραβιάς σε αγώνα νοκ-άουτ. Εάν καταφέρει να προκριθεί η ομάδα μας στην επόμενη φάση, θα αντιμετωπίσει τον ΟΦΗ με πλεονέκτημα έδρας.    

Αναλυτικά τα ζευγάρια:

Α' ΦΑΣΗ

1.   Ιεράπετρα
2.   Βύζας Μεγάρων-Ναυπακτιακός Αστέρας
3.   Ολυμπιακός ΑΣΚ-Ηλιούπολη
4.   Ατσαλένιος-Δόξα Δράμας
5.   Αιολικός Μυτιλήνης-Ρόδος
6.   Αναγέννηση 'Αρτας-Καβάλα
7.   Απόλλων Αθηνών-Πολύκαστρο
8.   Τρίκαλα-Θήβα
9.   Δόξα Γρατίνης-Πιερικός
10. Θύελλα Πατρών-Αναγέννηση Καρδίτσας
11. Αχαρναϊκός-'Αγιος Δημήτριος
12. Γιάννενα ΑΕ-Παναχαϊκή
13. ΠΑΟ Νέων Επιβατών-Λαμία
14. Παναιτωλικός-Ανδρούτσος Γραβιάς
15. Κορωπί-Θερμαϊκός Θέρμης
16. Διαγόρας-Ένωση Θράκης
17. Πανηλειακός-Εθνικός Κατερίνης

Β' ΦΑΣΗ

18. Πανσερραϊκός
19. Ιεράπετρα-Χαϊδάρι
20. Νικητής 2-Γιάννινα ΠΑΣ
21. Νικητής 3-Προοδευτική
22. Νικητής 4-Εθνικός Αστέρας
23. Νικητής 5-Μεσσηνιακός
24. Νικητής 6-Καλλιθέα
25. Νικητής 7-Αγροτικός Αστέρας
26. Νικητής 8-Πανθρακικός
27. Νικητής 9-Καλαμάτα
28. Νικητής 10-Νίκη Βόλου
29. Νικητής 11-Καστοριά
30. Νικητής 12-Θρασύβουλος
31. Νικητής 13-Λεβαδειακός
32. Νικητής 14-Εθνικός
33. Νικητής 15-Αστέρας Τρίπολης
34. Νικητής 16-Ηλυσιακός
35. Νικητής 17-Βέροια

Γ' ΦΑΣΗ

36. Νικητής 23-Νικητής 29
37. Νικητής 24-Νικητής 21

Δ' ΦΑΣΗ

38. Πανσερραϊκός-ΠΑΟΚ
39. Νικητής 19-ΑΕΚ
40. Νικητής 20-Αιγάλεω
41. Νικητής 22-Ολυμπιακός
42. Νικητής 25-Ιωνικός
43. Νικητής 26-Λάρισα
44. Νικητής 27-Κέρκυρα
45. Νικητής 28-'Αρης
46. Νικητής 30-Παναθηναϊκός
47. Νικητής 31-Απόλλων Καλαμαριάς
48. Νικητής 32-ΟΦΗ
49. Νικητής 33-Ξάνθη
50. Νικητής 34-Ατρόμητος
51. Νικητής 35-Πανιώνιος
52. Νικητής 36-Εργοτέλης
53. Νικητής 37-Ηρακλής

Το σύστημα του Κυπέλλου

Στη δεύτερη φάση θα λάβουν μέρος οι 17 ομάδες που θα προκύψουν από την πρώτη φάση και οι 18 ομάδες της Β΄ Εθνικής Κατηγορίας. Η πρώτη ομάδα της Β' Εθνικής που θα κληρωθεί θα εξαιρεθεί και θα περάσει στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα. Η δεύτερη ομάδα της Β' Εθνικής που θα κληρωθεί θα αγωνισθεί με την ομάδα που εξαιρέθηκε από την Γ' Εθνική στην 1η φάση. Θα διεξαχθούν σύνολο 17 απλοί αγώνες (στην έδρα των ομάδων που θα προκριθούν από την 1η φάση). Η ομάδα που θα εξαιρεθεί και οι 17 νικήτριες ομάδες, σύνολο 18 ομάδες θα λάβουν μέρος στην κλήρωση για την τρίτη φάση. Αυτές θα αναμετρηθούν σε δύο απλούς αγώνες. Αν το ζευγάρι προκύψει με ομάδες από τη Β' και Γ' Εθνική, ο αγώνας θα διεξαχθεί στην έδρα της ομάδας της Γ' Εθνικής. Αν το ζευγάρι προκύψει με ομάδες της ίδιας κατηγορίας, θα διεξαχθεί στην έδρα της ομάδας που θα κληρωθεί πρώτη. Θα προκύψουν δύο νικήτριες ομάδες. Στην τέταρτη φάση θα λάβουν μέρος οι 14 ομάδες της τρίτης φάσης που θα περάσουν στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα και οι δύο νικήτριες ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της τρίτης φάσης, σύνολο 16 ομάδες δηλαδή, καθώς και οι 16 ομάδες της Α' Εθνικής. Θα διεξαχθούν 16 απλοί αγώνες στην έδρα των ομάδων που θα αναδειχθούν νικήτριες από τη δεύτερη και την τρίτη φάση.